[办公室]
协助局领导组织、协调开展机关工作；
拟定机关年度工作计划、工作总结、综合性总结及政务公开和内部管理制度，并监督实施；
负责处理、督办机关文电、行政会议和档案管理等文秘工作；
负责机关保密、保卫、安全、卫生绿化、计划生育、接待、退休人员服务等后勤保障工作；
负责归口管理、人大代表建议和政协委员提案；
负责本系统人事管理和行政表彰等工作；
负责环保系统行政、事业性收费的督查工作；
负责核算和监督国有资产的管理；
负责局机关和下属事业单位各类社会保险管理；
负责全县环保系统干部职工培训和继续教育工作；
负责局系统人员的工资、年终人员考评、对外联络等工作：
负责“三政绩效”工作。
[项目资金申请管理办公室]
负责全县污染补助资金使用审批等资金管理；
承办国家、省、县补助本县环境保护系统资金项目的审核；
编制、上报各类污染防治项资金及其使用监督管理。
[财务股]
负责局机关各类经费的落实、调度和管理工作；
负责局系统预算外资金的管理；参与排污费征收，并负责排污费财务管理和排污费年度收支预、决算的编制；
负责局机关下属单位行政、事业经费的会计核算和财务决算及内部审计；
负责各类财务统计报表的编制上报；
负责会计档案资料的保管及归档；
负责局系统财务人员培训、管理；
编制、上报环境保护中长期规划、“五年计划”和年度目标计划；
参与编制经济、社会发展、国土开发整治、区域经济开发规划；
参与编制环保基础设施建设和其他环境综合治理计划；
参与审核城县总体规划，并组织对其中的环境保护规划进行评审；
负责城区环境综合定量考核和卫生城市创建环保指标考核；
组织对噪声达标区和烟尘控制区的环境管理工作；
负责全县各类建设项目建议书可行性研究报告的初步审查；
组织实施环境影响评价制度和“三同时”制度，负责实施开发建设项目环境保护管理制度，负责审批权力范围内的行政审批，办理新、改、扩建设项目环境保护审批、审核及其他行政审批事项；
负责提出全县污染源限期治理名单，并对污染限期治理项目实施监督管理；
参与审核上级环保部门审批的建设项目的环境影响报告书（表）的工作；
协助开展排放污染物许可证申报登记和许可证发放工作；
参与制定环境保护产业政策，指导和推进环境保护产业发展；
负责全县环境统计工作；
[总量控制办公室]
负责污染物排污总量控制、环境统计扎口管理；编制、上报全县污染物排放总量控制计划，并组织实施和考核；
负责全县环境保护法律法规和相关政策的宣传教育工作；
参与组织、协调、起草、审核本县环境保护规范性行政措施；
组织研究全县重大环境问题；
负责贯彻执行国家和地方环境标准、法律法规；
负责环境保护行政处罚、行政复议和应诉事务等工作；
组织行政执法和执法监督；
管理全县环境保护宣传教育培训工作，拟定环境教育规划、计划和年度宣传活动计划；
负责绿色创建工作；
负责新闻媒体的采访申请；协调环境新闻报道，发布全县重大环境保护新闻；
会同有关部门开展环境法制、环境知识教育或培训；
推动公众和非政府组织参与环境保护。
负责农村生态环境保护；
组织拟定全县生物多样性保护计划，编制全县自然保护区发展规划；
负责编制生态功能区规划；组织编制滩涂自然保护区发展规划；
监督检查全县自然保护区和自然资源开发活动中的环境保护情况；
参与指导全县生态环境恢复整治和湿地保护工作；
参与推行企业清洁生产和审计工作，负责监督环境标志认证等资质实施情况；
负责全县ISO14000环境管理体系认证管理；组织全县环境保护对外交流与合作；
组织草拟并监督实施自然生态保护规范性行政措施；
负责监督自然资源开发活动中的环境保护；
负责管理生物技术的环境安全；
组织全县秸秆禁烧工作；
组织对重大生态破坏事故的调查处理。
[信息中心]
负责全县环境信息管理工作；
负责局系统环境保护网站规划、建设与维护工作；
负责全县污染源在线监控及各类自动化站系统维护工作；
负责环境信息摘报；
负责发布全县环境质量和状况报告；
负责信息收集、处理、发布及相关人员技术培训；
[灌南县环境监察局]
拟定本地区两大园区外的环境监理规划和年度工作计划，并组织实施；
依法对本行政区内污染治理设施运行、建设项目执行环保“三同时”情况、限期治理项目工程进度和生态破坏事件进行现场监督检查；
对环境违法行为进行现场调查取证，提出处罚建议；
按照县环保局授权对环境违法行为实施现场处罚，负责对县环境保护局作出的行政处罚决定书执行情况进行监督检查；
对本行政区内发生的环境污染事故、因污染引起的纠纷以及检举控告环境违法行为的来信来访进行调查，并参与处理；
负责排污单位排污申报登记、核查及执行排污许可证制度的管理工作；
依法征收排污费，对环保补助资金下拨提出建议；
参与编制污染治理项目年度计划，并对治理项目计划执行情况进行监督检查；
执行环境监理报告制度；
负责全县排污口规范化整治的指导工作及环境管理自动监控系统的建设与日常运行管理；
负责建筑施工噪声审批及管理；
负责全县饮用水源地监督管理。
承担全县环境空气、水质、污染源噪声、生物、土壤等方面的环境监测规划、计划的制订；
开展环境监测、污染监督监测，建立环境监测数据库；
对本地区环境质量和污染状况进行综合分析，为政府环境决策提供环境监测信息资料；
为建设项目提供环境影响评价监测资料，进行环境影响评价监测、项目竣工验收监测，并参与“三同时”验收；
提供排污收费、排污申报等所需的监测和核实数据；
建立本辖区应急环境监测网，为辖区内污染事故处理和污染纠纷仲裁提供监测数据；
负责本辖区内环境监测网络的技术业务指导、监测质量保证和技术资质的考核；
为社会提供环境科技服务和有关的委托测试检验等。
[灌南县环保局化工园区分局]
属灌南县环保局派出机构，负责连云港化工产业园区环境保护具体事务；
拟定环境监理规划和年度工作计划，并组织实施；
依法对建设项目污染治理设施运行、建设项目执行环保“三同时”情况、限期治理项目工程进度和生态破坏事件进行现场监督检查；
对环境违法行为进行现场调查取证，提出处罚建议；
按照县环保局授权对环境违法行为实施现场处罚，负责对县环境保护局作出的行政处罚决定书执行情况进行监督检查；
对本行政区内发生的环境污染事故、因污染引起的纠纷以及检举控告环境违法行为的来信来访进行调查，并参与处理；
协助排污单位排污申报登记；
负责核查及执行排污许可证制度的管理工作；
依法征收排污费，对环保补助资金下拨提出建议；
参与编制污染治理项目年度计划，并对治理项目计划执行情况进行监督检查；
执行环境监理报告制度；
负责排污口规范化整治的指导工作及环境管理自动监控系统的建设与日常运行管理；
[灌南县环保局经济开发区分局]
属灌南县环保局派出机构，负责灌南县经济开发区环境保护具体事务。
拟定环境监理规划和年度工作计划，并组织实施；
依法对建设项目污染治理设施运行、建设项目执行环保“三同时”情况、限期治理项目工程进度和生态破坏事件进行现场监督检查；
对环境违法行为进行现场调查取证，提出处罚建议；
按照县环保局授权对环境违法行为实施现场处罚，负责对县环境保护局作出的行政处罚决定书执行情况进行监督检查；
对本行政区内发生的环境污染事故、因污染引起的纠纷以及检举控告环境违法行为的来信来访进行调查，并参与处理；
协助排污单位排污申报登记；
负责核查及执行排污许可证制度的管理工作；
依法征收排污费，对环保补助资金下拨提出建议；
参与编制污染治理项目年度计划，并对治理项目计划执行情况进行监督检查；
执行环境监理报告制度；
负责排污口规范化整治的指导工作及环境管理自动监控系统的建设与日常运行管理；
[灌南县环保局行政审批中心窗口]
审批限额以下的本县基本建设项目和技术改造项目以及园区建设项目的环境影响报告书（表）工作；参与审核上级环保部门审批的建设项目的环境影响报告书（表）的工作。