灌南县科学技术局设5个内设机构：

（一）办公室（县国防动员委员会科技动员办公室）

负责机关政务工作协调；负责公文来电、会务、机要保密、文书档案等日常运转工作；负责科技信息宣传工作；承担信访、综合治理、建议提案、安全保卫、督查督办、目标管理、政务公开和信息化工作；负责机关依法行政和法治建设有关工作；承担机关资产、财务、印章、后勤管理工作；承担机关和直属事业单位单位机构编制、人事、劳动工资和离退休干部工作。承担县国防动员委员会科技动员办公室日常工作。

（二）高新成果科

拟订高新技术发展及其产业化的规划和行政措施；编制和组织实施县工业领域科技计划；指导高新技术特色产业基地、科技企业孵化器等科技创新创业载体的建设；会同有关部门认定高新技术企业和高新技术产品；组织实施科技型中小企业技术创新资金等项目；负责民营科技企业的指导服务工作；拟订科技基础设施建设的规划；组织实施各级工程技术研究中心、重点实验室、科技公共服务平台等科技基础设施建设；承办科技类民办非企业单位登记前的审核工作；负责科研技术装备、实验动物管理工作；联系中央部属、省、市属科研院所的有关工作。

提出促进科技成果转化的行政措施建议；组织实施重大科技成果转化计划；拟订科技成果登记、推广、交易的管理办法以及科技保密管理办法并组织实施；负责全县科技奖励工作；承担限制出口技术的技术审查工作；拟订促进技术市场发展政策；指导技术合同认定登记工作；负责相关科技评估管理和科技统计管理工作；拟订科技人才队伍建设的政策措施，承担科技人才引进和培养相关工作；负责全国市（县）科技进步考核具体工作，指导科技兴县（区）工作，承担县科教兴县领导小组办公室具体工作。

 （三）农村与发展计划科

拟订农业、农村科技发展规划和行政措施；编制和组织实施农业科技攻关计划、农业科技成果示范推广等涉农科技计划；组织实施现代农业科技创新工作；指导农业科技载体以及农业科技示范推广基地、农业科技园区的建设；指导科技特色产业培育、科技富民强县工作；指导和组织农村科技服务体系建设；负责科技特派员、科技扶贫工作，推动农业和农村科技进步。

组织拟订社会发展领域科技发展规划和年度计划，组织协调专项科技规划与计划的编制，提出科技计划经费配置建议；牵头拟订县科技计划及项目管理办法，负责科技计划项目实施的监督管理，对经费的使用与管理进行监督检查；牵头实施国家和省科技计划项目的组织推荐工作；拟订社会发展领域科技发展规划和行政措施；组织实施社会发展领域科技计划；组织实施涉及资源环境、医药卫生和可持续发展综合实验区等科技工作；组织实施软科学研究计划；拟订全县科普工作规划；组织评选优秀科技人员；负责科技培训工作。

（四）产学研合作科

拟订推进产学研结合发展规划和行政措施；联系县重点产学研合作单位的有关工作；负责区域科技合作，组织开展国内科技合作交流工作。拟订国际科技合作与交流的行政措施；编制和组织实施国际科技合作计划；组织开展国际技术转移工作；承办全县对外科技交流合作中有关团组、人员出国（境）有关事项；承办涉港澳台科技合作与交流事宜；负责对外科技宣传工作。

（五）知识产权科

起草专利及知识产权地方性行政措施；承担全县有关知识产权方面的重大问题及相关政策研究工作；拟订全县专利执法规划、工作计划；承担建立和组织实施知识产权执法协作机制的有关工作；处理和调解专利纠纷，查处假冒专利行为；组织建立知识产权预警和维权援助机制；承担有关行政复议、行政应诉工作；组织开展知识产权以及专利法律法规、政策的宣传工作；拟订有关知识产权的教育与培训工作规划并组织实施；组织拟订并协调实施全县知识产权及专利发展规划和工作计划；承办涉外知识产权事宜的统筹协调和专利工作的对外联络、合作交流；承担专利信息公共服务体系建设工作；指导、监督专利中介机构的工作；组织开展知识产权统计工作；指导企事业单位专利工作；组织促进专利实施；承担专利技术交易的规范和管理工作；会同有关部门指导和规范知识产权无形资产评估工作。