灌南县审计局设人秘股、财政金融审计股、行政事业审计股、固定资产投资审计股、企业审计股等5个职能股室。各股室的职能分别是：

     (一)人秘股

    筹备和组织有关会议；起草和审核有关文件、报告；编制县审计工作计划；负责全县审计统计和审计业务综合考核工作；管理审计经费和固定资产；负责审计调研、审计宣传、审计信息、机关文电处理、保密、信访、档案管理、计划生育、接待、安全保卫等工作。

    参与财经法规研究，草拟地方性审计行政措施，收集和整理财经法规，组织实施审计普法教育；负责审计复核，办理审计听证、审计复议和行政诉讼事项；检查审计执法情况，监督社会审计组织的审计业务质量。

    负责局机关的机构编制及其人员管理，按干部管理权限办理局机关的干部调配、任免、考核、奖惩、工资福利、职称考评；负责县审计干部教育培训工作；负责局机关老干部工作。

    (二)财政金融审计股

    拟定县级预算执行情况的审计总体方案，汇总审计结果；负责审计县财政局组织预算执行情况、县地税系统税收征管情况、县金库办理预算资金的收纳拨付情况；负责审计乡、镇人民政府预算执行情况和决算；负责审计县财政局和县地税局的财政财务收支情况；负责审计县属金融、保险机构的资产、负债、损益情况；根据省审计厅的安排，组织县审计机关审计金融机构的资产、负债、损益情况；开展财政金融专项审计及审计调查。

    (三)行政事业审计股

    负责审计与县财政有拨款关系的县人大机关、县政协机关、县级司法机关、政党组织、社会团体的财政财务收支；负责审计县政府有关部门的财政财务收支；组织行政事业与社会保障专项审计和审计调查。

    负责审计县政府有关农业与资源环保部门的财政财务收支；负责审计县属国有农业企业的资产、负债、损益情况；负责审计县级人民政府管理的农林、水利、国土资源、环保、海洋与渔业资金的筹集、管理、使用情况；开展农业与资源环保专项审计和审计调查。

    组织审计国际组织、国际金融组织和外国政府对我县提供的贷款、援款和赠款项目的财务收支；提供世界银行和亚洲开发银行援贷款项目的审计公证报告；组织本局审计管辖范围内中外合资、合作企业和境外企业审计；开展外资运用一专项审计和审计调查。

    (四)固定资产投资审计股

    负责管理协调监督县级国家建设项目的审计业务；负责审计县政府有关部门的财政财务收支；对县属施工企业进行审计；组织固定资产投资专项审计和审计调查。

    (五)企业审计股

    负责全县工交、商贸系统的国有企业的资产、负债、损益情况的审计；组织国有企业的专项审计和审计调查。负责审计县政府有关经贸部门的财政财务收支；组织经贸专项审计和审计调查