办公室
主要职责：负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转事务；承担安全、信息、保密、督办、信访、安全保卫、政务公开等工作；承担重大突发事件应急综合管理；负责机关财务会计工作，编制局行政事业经费预算计划和决算报告，负责财政专项资金项目的监督管理；制定并监督执行内部规章制度；负责局机关和直属单位的机构编制、人事管理、宣传教育、劳动工资、考核奖惩、教育培训和离退休人员管理工作；负责单位项目材料的撰写、上报、整理和归档工作。
海域股
主要职责：组织开展海洋环境的监测、监视和评价；监督实施陆源污染物排海标准和总量控制制度；编制并实施海洋灾害应急预案；负责海洋与渔业领域应对气候变化工作；负责海洋防灾减灾；指导海洋监察管理工作；协调处理海洋重大突发事件；组织编制并监督实施海洋功能区划、海域开发利用规划；承担海域使用项目的审核、论证评估、海域使用权登记工作；监督实施陆源污染物排海标准和总量控制制度；承担海洋开发活动、海洋倾废对海洋环境污染损害的防治和海洋生态损害的索赔工作。
畜牧股
主要职责：贯彻国家及省、市有关种畜禽、饲料监督管理的各项法律、法规，对法规的执行情况进行监督检查；研究拟定我县畜牧业发展计划，提出行业发展的重大技术措施及推广项目，经批准后实施；负责组织全县畜禽品种、畜产资源、饲料资源的保护及合理利用；负责全县动物疫情管理、收集和上报疫情并组织扑灭；处理县重大动物疫病防治指挥部办公室日常事务；组织编制畜牧业发展规划和年度计划，负责畜牧业生产情况统计上报工作。
渔业股
主要职责：组织编制并监督实施渔业专项发展规划、计划；提出渔业产业结构和布局调整的政策建议，组织实施渔业养殖证制度、健康养殖示范基地等工作，指导渔业捕捞、水产品加工流通；指导全县水生动物防疫检疫和水产养殖病害防控工作；指导渔业灾后恢复生产；指导渔业社会化服务体系、合作组织和行业协会工作；组织水产品质量安全监测，发布相关信息和预警分析，处置突发事件；指导水产品检验检测体系建设；承担水产养殖用兽药等投入品使用的监督管理；指导渔业标准化生产；实施无公害水产品产地认定和产品认证制度；负责渔业政务信息、目标管理和渔业统计工作；指导渔业技术推广服务体系建设；组织渔业水域生态环境质量评价和污染事故调查处理；负责渔业防灾减灾、渔业安全生产的监督管理；协调处理渔业重大突发事件；指导渔政渔港监督、渔业船舶检验、渔业无线电管理工作；组织实施渔业捕捞许可制度；开展海洋与渔业领域节能减排工作。