（1）办公室
制定局机关和本系统的年度工作计划及长远发展规划；处理局机关日常政务，起草和审核有关文件和报告；负责综合性会议组织、秘书事务、文电处理、文书档案、文印、信访、保密、调研、政务信息、税收宣传工作；负责组织税收科研、学术交流和科研成果的鉴定、评选、推广及奖励工作；制定办公规章制度；管理机关财务等后勤保障及机关行政事务工作；负责局机关和本系统目标管理考核及督查督办工作；组织实施综合行政管理信息系统；办理人大代表建议、政协委员提案；协助领导对有关工作进行综合协调；承办领导交办的其它工作。
（2）政策法规科
承办重大税收案件的审理和行政处罚、听证工作；负责税务行政诉讼和行政复议等事项；负责流转税、所得税等税种的税政业务；管理增值税专用发票；负责金税工程流转税业务的管理、推广应用及认证报税、数据采集、稽核管理工作；负责增值税等税种的纳税评估、日常稽核和日常管理性检查工作；负责税收协定执行、反避税实施、外国居民税收监管、情报交换、国际税务管理合作等；负责涉税法律事务；负责组织对税收法律、法规执行情况进行日常管理性监督检查；负责对出口企业退免税申报的审核和确认，组织落实本地出口货源征税情况并负责对外复函，负责本地出口货物专用缴款书及分割单开具的检查及指导工作；承担对其他分局大企业和国际税务管理的指导；承担税种风险分析、出口退税风险分析、大企业税收风险分析；承办领导交办的其它工作。
（3）收入核算科
负责税收计划管理、税收会计、统计等信息数据的统计和分析工作；负责编制和分配税收计划、指导组织收入工作，进行税收预测分析，负责税款征收信息的集中处理和会计核算工作，组织并检查税款征收、解库、提退等制度的执行；负责税源资料的调查和测算，监控重点税源；负责税收票证的管理；承担综合税收风险分析；承办领导交办的其它工作。
（4）征收管理科
负责组织实施综合性税收征管法律、法规和规章制度，处理执行税收征管法规、条例中的有关事项；负责税务登记、纳税申报、税款征收和税收资料等的管理；牵头组织对征管质量的综合考核；负责组织征管软件的推广和应用；牵头负责纳税评估的组织实施和指导、协调、管理工作；负责纳税服务的组织、管理工作；承担纳税遵从状况分析、征管程序性风险分析；承担在本县域范围内与地税、工商、统计、电力等部门开展信息交换；与外地国税机关协作开展发票逆查、非正常户配对等交互工作；承担税收风险的等级排序管理；承担风险管理相关工作的扎口管理；承办领导交办的其它工作。
（5）人事教育科
研究和执行人事管理制度；负责机构、编制、任免、考核、调配、交流、辞职辞退、工资福利、专业技术职务等人事管理工作;负责离退休干部及提前离岗人员的管理和服务；负责思想政治工作、精神文明建设和基层建设；负责教育培训管理工作；负责机关和系统外事工作；负责党建、工会、共青团和妇联工作；负责机关和直属单位的党群工作；承担机关思想政治工作和精神文明建设；承担入党积极分子的教育培训考察工作及发展党员工作；承办领导交办的其它工作。
人事教育科加挂机关党委办公室牌子。
（6）监察室
负责贯彻执行党和国家的路线方针及税收法律、法规情况的监督检查；负责党的纪律检查、行政监察和廉政建设工作；负责执法监察和纠风工作；负责信访举报、违法违纪案件工作；承办领导交办的其它工作。
纪检组与监察室合署办公，两块牌子，一套班子。
2．直属机构
灌南县局根据工作需要设置稽查局，级别为副科级。
稽查局
负责对年度计划确定的重点税源企业和税务违法案件的查处、审理、执行工作；组织贯彻税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责税收案件举报的受理、转办；负责与公安、检察、审判机关协调税务稽查中的司法工作；负责金税工程发票协查工作；负责牵头组织税收专项检查工作；承办领导交办的其它工作。
3．派出机构
灌南县局按行政区划设置5个税务分局，为非全职能分局，税务分局级别为副科级。税务分局主要承担税源管理工作。
（1）主要职责:
①灌南县国家税务局第一税务分局
受理、核批并办结应由本分局直接负责的纳税人申请办理的各类涉税事项；负责全县国税管辖内纳税申报、税款征收、增值税一般纳税人的抄报税、进项发票认证、票表稽核工作；为纳税人提供税收业务咨询和自助式电子申报服务工作；承办欠税公告发布工作；负责税收会计、数据统计和票证管理工作；负责车辆购置税政策法规的宣传工作；负责全县车辆购置税的日常征收管理工作；负责车辆“一条龙”管理的具体实施工作；负责车价信息的采集和归档工作；负责车购税的免税、退税工作；负责应税车辆的实地查验工作；负责本分局文明创建工作；负责本分局党风廉政建设、文明行业创建和干部教育培训工作；承办上级交办的其他工作事项。
组织、协调和指导全局各部门、各税种、各环节的纳税服务工作；组织实施纳税服务工作规范和操作规程；组织落实纳税人权益保障规章制度及规范性文件；组织协调、实施纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作，受理纳税人投诉；指导税收争议的调解；承担网站纳税服务栏目、短信系统的运行管理工作;受理、核批并办结应由第一税务分局直接负责的纳税人申请办理的各类涉税事项；为纳税人提供税收业务咨询和自助式电子申报服务工作；承办欠税公告发布工作；负责税收会计、数据统计和票证管理工作。
灌南县局第一税务分局加挂纳税服务科牌子。
②灌南县国家税务局第二、三、四、五税务分局
贯彻执行税收法律法规和规范性文件，贯彻实施各项规章制度，落实税源管理办法、措施。负责本辖区的税法宣传、政策送达、纳税辅导工作；负责户籍管理、申报管理、发票管理、金税工程协管、入库管理、欠税清理和一般性违规违章行为处理工作；负责资格认定调查、税源调查和监控、数据采集和税情分析、税收收入情况分析工作；负责本辖区纳税评估工作；负责协税护税网络建设工作；负责本分局党风廉政建设、文明行业创建和干部教育培训工作；承办上级交办的其他工作事项。
灌南县局第二税务分局加挂大企业和国际税务管理科牌子。
大企业和国际税务管理科:负责大企业税收风险监控预警、税源调查分析、重要复杂事项的管理；对重点监管大企业纳税申报调查核实、综合纳税评估、审计、日常检查等，开展大企业个性化服务、帮助大企业建立税收风险控制机制；建立与大企业直接沟渠道，协调回应企业相应诉求;承担有关税收法律法规和国家（地区）间税收协议、协定（安排）的执行工作；组织、实施、检查跨国税源管理；组织实施特别纳税调整工作，解释和处理具体业务问题；组织落实非居民企业所得税政策和征管制度，处理国家（地区）间的有关税务事项；组织实施“走出去”企业的服务管理。
（2）职责范围
①灌南县国家税务局第二税务分局
按地域:负责新安镇、新集乡、百禄镇、花园乡、三口乡、张店镇、北陈集镇等7个乡镇的税源管理工作;按税源:负责本级企业、外资企业、房地产及附属企业、除与产业相关联的商贸企业的税源管理工作。
②灌南县国家税务局第三税务分局
负责实行定期定额征收的全县个体工商户的税源管理工作。
③灌南县国家税务局第四税务分局
按地域:负责县经济开发区、汤沟镇、孟兴庄镇、李集乡等1个园区3个乡镇的税源管理工作;按税源:负责金属加工及与其配套的使用废旧物资收购发票的商贸企业、木材加工企业及其它工业企业的税源管理工作。
④灌南县国家税务局第五税务分局
按地域:负责县化工园区、船舶工业园区、堆沟港镇、五队乡、田楼乡、长茂镇等2个园区4个乡镇的税源管理工作;按税源:负责船舶生产及与其配套的商贸企业、化工生产及与其配套的商贸企业、其它工业企业的税源管理工作。
4．事业单位
灌南县局根据工作需要设置信息中心，级别为正股级。
信息中心
负责组织税收管理、综合行政管理等信息系统建设；执行信息系统管理制度和技术标准；建立、管理和维护计算机网络与涉税信息等综合数据库；参与组织应用软件开发和税控器具的推广、应用及技术培训；根据工作需要，对征管数据进行质量审核、加工处理、综合分析等；负责网络及系统安全管理工作；承办领导交办的其它工作。